Rute domestik aktif dari Bandar Udara Raja Sisingamangaraja XII / Silangit beserta maskapai, tipe pesawat, dan frekuensi penerbangan.
Sebagai gerbang udara kawasan Danau Toba, Bandar Udara Silangit melayani rute domestik menuju Jakarta dan Batam dengan frekuensi penerbangan harian.
Rute tersibuk menghubungkan Silangit dengan Jakarta (Soekarno-Hatta), dilayani oleh Super Air Jet, Indonesia AirAsia, dan Batik Air. Tersedia pula penerbangan menuju Jakarta (Halim Perdana Kusuma) bersama Citilink, serta rute ke Batam (Hang Nadim) yang menghubungkan kawasan Tapanuli dengan Kepulauan Riau.
